Haryatmoko meraih gelar sarjana dari STF Driyarkara pada 1984. Ia kemudian menempuh studi teologi di Brussel (1985–1990) dan ilmu sosial di Paris (1988–1989). Pada 1993, ia memperoleh gelar diplôme d’études approfondies (DEA) dan gelar doktor pada 1996 dari Université Sorbonne–Paris IV dalam bidang antropologi dan sejarah agama serta Institut Catholique de Paris dalam bidang etika politik. Ia kini mengajar di Universitas Sanata Dharma, serta menjadi pengajar tamu di sejumlah program pascasarjana, antara lain di Universitas Gadjah Mada dan Universitas Indonesia. Ia juga menjadi anggota staf Badan Pembinaan Ideologi Pancasila (BPIP).